Музей городской скульптуры является преемником Музея-Некрополя, основанного в 1932 г. с целью сохранения уникального собрания мемориальной скульптуры XVIII – начала ХХ века.

14 июля 1939 г. по решению Президиума Ленсовета Ленинградский Музей-Некрополь в связи с передачей в его ведение городских памятников и мемориальных досок реорганизован в Ленинградский Музей городской скульптуры.

В 1980 г. в музее городской скульптуры появился новый отдел – «Нарвские Триумфальные ворота»: внутри уникального памятника была создана экспозиция, посвященная Отечественной войне 1812 г. и истории создания триумфальных ворот.

В 2002 г. открылся Новый выставочный зал музея городской скульптуры, сразу ставший известным как площадка для проведения разнообразных креативных выставочных проектов, кинопоказов и лекций, мероприятий для взрослых и детей.

В 2004 г. правительством Санкт-Петербурга музею городской скульптуры была передана мастерская выдающегося скульптора М.К. Аникушина. После завершения масштабных ремонтных работ в 2015 г. в филиале музея была открыта мемориальная экспозиция и площадка для современных выставочных проектов.