Сегодня государственное бюджетное учреждение культуры Краснодарского края «Краснодарский государственный историко-археологический музей-заповедник им. Е.Д.Фелицына» является самым крупным музейным объединением Северо-Кавказского региона. В его составе четыре филиала: Анапский археологический музей, Таманский музейный комплекс (историко-археологический и литературный им. М.Ю. Лермонтова), Мемориальный музей семьи Степановых в Тимашевске и мемориальное подворье в х. Ольховском Тимашевского района, Темрюкский историко-археологический музей, музей под открытым небом «Военная горка» и подворье в ст. Старотитаровской Темрюкского района. На правах отделов работают Литературный музей Кубани и Мемориальный музей-квартира народного артиста СССР Г.Ф. Пономаренко.

Музей является научно-методическим центром для государственных и муниципальных музеев Краснодарского края. Являясь членом Южного филиала Научного совета исторических и краеведческих музеев Российской Федерации, музей ежегодно проводит 4 крупные научные конференции.

Благодаря поддержке краевой целевой программы «Культура Кубани» регулярно выпускаются материалы «Анфимовских чтений» и «Фелицынских чтений». Каждый год сотрудники музея-заповедника публикуют десятки научных работ – тезисы, статьи, монографии, участвуют в написании коллективных трудов (монографий, энциклопедий и т.д.).